Her çocuk için ergenlik dönemi kendi içinde özel bir dönemdir. Otizmli çocuklarda da bu dönemde bazı ek sorunlar görülebilir. Normal koşullarda otizmli bir çocukta ergenlik yaşına gelene kadar pek çok sorun özel eğitim, örgün eğitim, aile eğitimleri ile büyük ölçüde giderilmiş oluyor. Ancak bazı sorunlar otizm nedeniyle akranlarına göre farklı özellikler gösterebilir, seyri farklı olabilir.
Ergenlik dönemi kimlik gelişimi ve bireyselleşmenin de gerçekleştiği dönemdir. Otizmli çocuklar da ergenliğe girdikten sonra yaşıtları gibi aileden bağımsızlaşma eğilimine girerler. Aile ile çatışmalar bu çocuklarda daha çok öfke nöbetleri ve saldırgan davranışlar olarak kendini gösterir .Anlaşılamamanın yarattığı öfke, baş etme güçlükleri, farkındalığın artması gibi nedenler buna neden oluyor olabilir
Cinsel gelişim nedeniyle dürtülerde ki artış cinselliği anlamlandırma sorunun nedeniyle davranışsal sorunlar olabilir. Abartılı cinsel davranışlardan, istismara kadar giden sorunlar olabilir. Bu nedenle bu dönemde cinsel eğitim, mahremiyet eğitimi vermek sorunun azalmasına katkı sağlayabilir.
Bu dönemde farkındalığın artması ve sorunların farkında olması nedeniyle kaygı ve depresyon gibi sorunlarda da artış olur.